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(1)有效成分加工工艺问题
(2)辅助剂造成药害原因
种衣剂选用辅助剂多是化学合成的，选用不当也会导致药害。
(3)杀虫剂造成药害原因
(4)人工合成植物生长调节剂造成药害原因
根据现代生命科学研究成果，生命是酶的代谢，酶由营养决定，植物营养平衡，酶的代谢就正常，植物生长营养不平衡，植物就会缺某种酶或某种酶不足，会导致内源激素不平衡，进而诱发病害。酶是生命之本，植物激素是辅助酶，受酶的控制，酶受植物营养控制。
人工合成植物生长调节剂的使用是人类认识的误区。人工合成的外源激素与植物没有亲和性，赤霉素、芸苔素、萘乙酸、吲哚乙酸、吲哚丁酸、复硝酚钠等及其混配制剂，在严格使用条件下，如使用时期、用量、浓度、环境等表现为在某个阶段直观上是有效的，多次使用严重影响农产品质量和效益，应已经成为农业生产第一大公害。
(5)微量元素造成药害原因
(6)杀菌剂造成药害原因
杀菌剂来自化学合成，有些杀菌剂本身是植物外源激素，过量使用易中毒、产生药害，抑制种子萌发、幼苗生长，降低幼苗免疫功能而感病。据南京农大周明国教授研究，三唑类种子处理与对照相比，对禾谷类作物出苗12天叶面积的生长抑制情况为：抑霉唑15%、三唑醇16%、丙环唑20%、三唑酮22%、氯苯嘧啶醇23%、乙环唑27%、苄氯三唑醇28%、烯唑醇45%。
如种衣剂含多效唑、抑霉唑、三唑醇、丙环唑、三唑酮、氯苯嘧啶醇、乙环唑、三唑酮、苄氯三唑醇、烯唑醇等均可降低出苗率，导致幼苗僵化，抑制地上部分的伸长，如抑制小麦苗的叶、根和胚芽鞘的伸长。三唑酮种子处理，造成小麦大面积不出苗，拌种灵对担子菌中的锈菌、黑粉菌、丝核菌有特效，常用于种子处理和土壤处理，但对单子叶作物容易产生药害，0.1%种子处理严重降低小麦出苗率
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